От man ln :
По умолчанию каждый получатель (имя новой ссылки) еще не существует.
Поскольку у вас уже есть каталог с именем html , ссылка будет создана внутри /var/www/html , имеющей имя целевой i.e. project .
Если вы хотите, чтобы символическая ссылка /var/www/html указывала на /home/user/project , вы не должны заранее иметь каталог html . Таким образом, вы должны иметь только /var/www , а затем запустить следующее, создаст желаемую символическую ссылку (не делайте этого, если не уверены):
ln -s /home/user/project /var/www/html
Вот пример:
$ pwd
/home/user/test/askubuntu
$ ls -l
total 4
drwxrwxr-x 2 user user 4096 Mar 25 00:16 foo
$ ln -s /home/user/test/bar /home/user/test/askubuntu/foo
$ ls -l
total 4
drwxrwxr-x 2 user user 4096 Mar 25 00:17 foo
$ cd foo/
$ ls -l
total 0
lrwxrwxrwx 1 user user 25 Mar 25 00:17 bar -> /home/user/test/bar
$ cd ..
$ rm -r foo/
$ ls -l
total 0
$ ln -s /home/user/test/bar /home/user/test/askubuntu/foo
$ ls -l
total 0
lrwxrwxrwx 1 user user 25 Mar 25 00:18 foo -> /home/user/test/bar
И да, вы можете создавать символические ссылки скрытых файлов.